أنشئ الجهاز بعد ثورة يوليو 1952 لكي ينهض بحال الإستخبارات المصرية، فأصدر الرئيس المصري السابق جمال عبدالناصر (1918 - 1970) القرار بإنشاء مخابرات في عام 1955 وأسند إلى زكريا محي الدين مهمة إنشاء جهاز مخابرات قوي لحماية الأمن القومي المصري. ولكن البداية الحقيقية له كانت مع تولي صلاح نصر رئاسته عام 1957
حيث قام بتأسيس مخابرات قويه اعتمد عليه من جاؤوا من بعده، وقد قام بإنشاء
مبنى منفصل للجهاز وإنشاء وحدات منفصلة للراديو والكمبيوتر والتزوير
والخداع لتغطية نفقات عمل الجهاز الباهظة في ذلك لوقت.
قام صلاح نصر
بإنشاء "شركة النصر للإستيراد والتصدير" لتكون ستارا لأعمال المخابرات
المصرية، بالإضافة إلى الإستفادة منها في تمويل عملياته. بمرور الوقت
تضخمت الشركة واستقلت عن الجهاز وأصبحت ذات إدارة منفصلة ولكن من الواضح
أن المخابرات المصرية تملك شركات أخرى داخل مصر أغلبها للسياحة والطيران
والمقاولات.
حتى وقت قريب كانت تعتبر شخصية مدير عام المخارات المصرية
سرية وغير معروفة إلا لكبار قيادات لجيش ولرئيس الجمهورية بالطبع الذي
يقوم بتعيينه بقرار جمهوري، ولكن فام اللواء عمر سليمان بكسر هذا التقليد حيث أعلنت الصحافة اسمه عدة مرات قبل أن يصبح شخصية معروفة بعد مصاحبته للرئيس [[]]مبارك في جولاته إلى فلسطين والولايات المتحدة.
- زكريا محيي الدين 1954 - 1954.
- محمد حافظ إسماعيل 1970 - ؟
- أحمد إسماعيل علي 1971 - 1972.
- محمد سعيد الماحي ؟ - 1981.
- نور الدين عفيفي ؟ - 1993.
- عمر سليمان 1993 - إلى الآن.